2019冠状病毒病香港疫情
第五波（2021年12月下旬至2023年3月）
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2021年12月下旬至2022年1月中旬
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2月3日，沙田市中心多处发现污水监测结果对病毒呈阳性，多个地方被纳入强制检测公告，沥源社区会堂外有大批市民排队等候强制检测
2月17日，博爱医院将急症室对出的露天停车场设置为帐篷用作临时安置患者，有视察过的官员形容情况如第三世界。[59]
香港在2021年12月下旬开始出现第五波疫情，政府容许国泰航空采用“客机去货机返”的方式运作[60]，却增加了变种病毒传入的风险[61]，因为有数名以“货机机组人员”身份飞回香港的机舱服务员未有依照抵港后立即回家自我隔离的规定，导致Omicron变异病毒株BA.1亚型流入社区并发展为不同的传播群组[62]，包括由屯门男机舱服务员引发的“望月楼群组”[63]、由北角女机舱服务员母亲引发的“维园广场跳舞群组”[64]及“陆田园餐厅群组”[65]，虽然本地个案数字开始上升，但当局其后称截断了上述机组人员相关的群组传播链，疫情并未在社区广泛传播，惟因北角女机舱服务员母亲群组揪出备受广大社会舆论谴责的“洪为民生日派对事件”[66][67]，多名政府官员集体违法违规导致香港特区政府陷入严重的政治与诚信危机[68]。由机组人员传入的Omicron变异病毒株BA.1亚型于2022年1月中受控。
2022年1月中旬至5月中旬
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3月16日，中央援港医疗队抵达香园围口岸，支援香港抗击疫情
传染性更强的Omicron变异病毒株BA.2亚型却因为位于油麻地的检疫酒店香港海景丝丽酒店发生内部交叉感染[69]，形成“检疫酒店群组”并导致第五波疫情大爆发[70][71]。“检疫酒店群组”起因于一名在2021年12月20日抵港的43岁巴基斯坦裔女子于酒店内接受隔离检疫期间受到同楼层相连房间带有高度传染性的Omicron变异病毒株BA.2亚型的两名尼泊尔男子交叉感染[72]，她在酒店的21天隔离检疫期在1月10日届满时，未有被检测出已受到感染[73]，她随后返回大坑东邨东满楼的住所，传染性极强的Omicron变异病毒株BA.2亚型因而被带入社区，到1月15日的检测才出现阳性，与她同住的5名家人，一个居于元州街宝华阁的4人家庭，以及在同一大厦的住户都已受到该种变异病毒株感染，仅第一代传播就牵涉12人[74]，病毒亦传播到美孚百老汇街地利亚修女纪念学校等三所学校[9]，一名居于马鞍山锦丰苑的监考女教师和多名学生，以及一名居于美孚新邨的幼稚园教师先后确诊[75]，“检疫酒店群组”更因为巴裔女子的丈夫在葵涌邨的垃圾房拾荒引发超过440名居民染疫[76]。虽然政府在该邨多栋大厦实施围封强检或禁足，但未能阻止病毒扩散[71]。1月18日有一名在铜锣湾的一家宠物店工作的女店员确诊Delta变异病毒株，“宠物店群组”出现后政府要求全港有饲养仓鼠的市民同意弃养供渔护署大规模人道毁灭[77]。
2022年1月下旬起疫情在香港社区蔓延，初期个案集中在葵涌邨，后来蔓延至其他地区，并出现Omicron变异病毒株及Delta变异病毒株同时传播[78]。2月1日是农历新年，新年假期的跨家庭聚会、拜年及团年活动，使疫情在2月5日起急剧恶化。2月9日，单日确诊首次破千宗，确诊数字在1月23日至2月25日以约每5天升一倍，大部分感染个案都涉及衍生自“检疫酒店群组”的Omicron变异病毒株BA.2亚型[79]。2月25日，单日确诊首次破万宗，达到10,010例，确诊数字之后缩短至每2天约增加一倍，受制于香港特区政府的“动态清零”政策，当时并不容许患者及其家人居家隔离及治疗，确诊者及其紧密接触者都必须被送往医院或隔离设施[80]，公立医院隔离病房的容量已经饱和，却有大量无症状或轻症患者都因为要配合港府执行“动态清零”而被送入医院[81]，导致医院外的露天位置需要放置大量病床[82]，包括明爱医院在内的多家公立医院都有大批候诊者在户外露宿等候入院。2月16日起香港气温显著下降，晚间气温跌至摄氏10度以下，天气寒冷及持续下雨，滞留在医院室外的大批病人被逼在湿冷的寒风下瑟缩及着凉[83]，引起香港及国际舆论关注[84]，到2月18日晚上医院才勉强腾出空间供大部分病人挤进室内。
因为传统核酸检测已无法跟上疫情的发展，而自行做快速抗原检测的工具已日趋普及，港府改变过往只认可由特定承办商作核酸检测的做法，自2月25日起也承认快速抗原检测阳性的个案，并在3月7日开通快速检测申报平台，供市民申报[85]。至2022年2月中旬，在动态清零下的所有确诊者及密切接触者都会被送往医院或入住隔离设施，却有高官及议员于同期享有特权没有进入隔离营及可选择居家隔离[86]，至其后因为阳性个案持续增加，港府于2月尾才接受部分患者在家隔离治疗[87]，至3月13日最少有30万名确诊者正在居家隔离[88]。
是否进行全民检测的争论
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行政长官林郑月娥于2月22日推翻她过往多次称香港不适合全民检测的说法[89]，林郑月娥宣称即将在香港举行全民强制检测，所有人要完成三次核酸检测[90]，但其不断改变的说法却进一步动摇市民对政府的信任及造成信息混乱[91]，而港府在政治正确的压力下亦陷入既无法清零又不可选择共存的两难局面[84][92]，随后立法会议员及建制派政客屡次发表香港将要实施封城及禁足等言论[93]，造成民众恐慌[94]，导致市面出现粮食、日用品及药物的抢购潮与混乱[95]。
对此，中国大陆部落客、也是红三代的任意以“兔主席”的网名在2月发文评论香港第5波疫情，他称虽然知道中央的好意，但香港缺乏必要的政治、社会、文化及公共管理的基础，他推估不可能落实“动态清零”，提议香港采取与病毒共存策略，总好过现在付出了尝试清零的代价，却得不到清零的好处，弄得两头都不靠[96]。
3月9日，林郑月娥改口称不会因为之前自己讲过要在3月内进行全民强制核酸检测便勉强去做，这个已不是优先项目，目前没有这方面的时间表可交代[97]，但建制派媒体及论者于同月下旬仍在施压港府要效法上海封城，并以此抨击林郑月娥没有实施全港封控及全民强检[98]，至4月初上海封城产生大量次生灾害终使建制派对港府的施压及抨击消退[99]。
2022年3月17日，身兼政府专家顾问的香港大学微生物学系讲座教授袁国勇，联同港大医学院临床助理教授薛达和名誉临床副教授龙振邦在《明报》发表署名文章，指出第五波疫情的主浪是由外防输入的检疫酒店引起，Omicron BA.2变种病毒由检疫酒店流入社区后出现广泛的隐性传播，引致疫情大爆发[100]。现在即使第五波疫情渐趋平缓也会持续多个月每日确诊数千宗，建议当局尽快公布复常计划及路线图[101]，争取香港社会在夏季复常，疫苗接种率如达到95%，可逐步放宽防疫措施；又提出轻症患者无须强制被带到隔离设施，将防疫人手用于帮助更需要的人；而政府之前提出的全民强检已没有实际作用，应将资源用于救治患者，提升医疗容量；因为输入个案与本地最少70万宗确诊相比已是沧海一粟，所以可尽早恢复国际航班，三位专家认为政府早日公布明确的社会复常计划，对于市民重拾对前景的信心十分重要[101]。香港大学感染及传染病中心总监何柏良在受访时表示认同三位专家的看法，香港应在提高疫苗接种率后使经济活动复常，逐步放宽防疫限制，戴口罩则是最后解除的措施，同时认为康复的长者应在后3个月后接种一剂复必泰疫苗加强免疫力[102]。林郑月娥在同日的记者会表示强烈感受到普罗市民对防疫措施的容忍力下降，金融机构也失去耐性，防疫措施有检讨的空间，对于政府专家称95%接种率才可以放宽措施，林郑称这是自绑手脚，因为昨天接种第一针的只有八千多人，要达到这个接种率还有很长的路，放宽措施的时间不能单看这个指标，但会继续提高接种率[103]。身兼政府疫苗专家顾问的港大医学院内科学系临床教授孔繁毅在香港商业电台的专访上表示，根据香港大学的研究，香港的实际感染人数已累计至350万人，加上疫苗接种率已提高，特别是第五波疫情在社区已广泛传播，香港人口已出现群体免疫，这也反映于近日的确诊人数有下降趋势，只要确诊个案持续减少及提高完整疫苗覆盖率，香港便具备放宽防疫措施的条件，餐厅可恢复晚市及重新开放康乐设施，鉴于香港的感染人数已经比部分国家更高，因此可恢复国际航班及对已完成接种疫苗并在病毒检测呈阴性的入境人士免除强制隔离[104]。袁国勇在3月20日受访时表示，大量进行核酸检测在香港已不重要[105]，因为部分患者确诊半年后仍然会呈阳性，应以快速抗原测试为主；袁又指过往的围堵政策已不合时宜，应该将重点放在降低入院及死亡数字，当局亦应分清哪些病人是死于新冠病毒，还是带病毒却因为其他原因死亡，减少公众恐慌；袁又称近期使用的莫纳皮拉韦及帕克斯洛维德口服药可有效减少长者重症[105]。
高峰后确诊个案消退
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第五波疫情于2022年3月3日见顶后逐渐消退（当日经快速抗原测试及核酸检测的阳性个案达76,991宗[10]），至4月9日核酸检测阳性个案897宗，接获快速检测阳性1638宗，当中大部分属无症状个案[106]。随著群体免疫的形成[107]，医疗压力得以承受，专家顾问袁国勇表示只要继续推展疫苗接种工作，香港可于今年5月放宽社交距离限制，7月完成疫苗接种后，香港可于2022年圣诞节前后完全恢复正常，预期香港今年将会有“快乐圣诞”[108]；专家顾问孔繁毅表示，香港的第三针接种比例如达到9成，将会比新加坡更有条件开放防疫措施，孔又称如疫情稳步下降，香港在今年6至7月将具备在室外无须佩戴口罩的条件[109]。
假期后疫情持续稳步回落
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2022年4月15日至18日是复活节连同周末的长假期，适逢2022年消费券第一期发放，市民都趁假期逛街购物或郊游，市面人流明显增加，不过假期后没有发生疫情反弹的情况，阳性个案继续稳步回落，专家顾问许树昌及孔繁毅均认为香港最少有400多万人曾经受到感染，体内已产生抗体，加上大部分人已接种疫苗，香港人口已筑起免疫屏障[110][111]，如病毒没有重大转变，香港在半年至1年内，疫情大幅反弹的机会很低[112]，惟即使进行全民检测也难以彻底将确诊个案清零，清零亦不可能长期持续，应把资源用于防重症和死亡，避免医疗系统承受过大压力[113]。
确诊个案/变异病毒株
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2022年6月起，香港疫情因为Omicron变异病毒株BA.2.12.1亚型、Omicron变异病毒株BA.4亚型、Omicron变异病毒株BA.5亚型反弹，单日确诊破千，8月28日更新增逾九千宗确诊，创3月底以来新高。
2022年8月30日，卫生署卫生防护中心公布各变异病毒株占比，Omicron BA.5占49.5%、Omicron BA.4占6.7%、Omicron BA.2.12.1占6.1%、Omicron BA.2.2占37.7%。Omicron BA.5继续成为主流毒株。该波疫情已于9月8日第2度见顶，并达到11,091宗（本地:10,910宗），此后1星期逐渐缓和（至9月12日为7938宗，中秋节过后9月16日曾反弹至8999宗，之后再次回落）。CHP宣告9月25日起不再举行疫情记者会，改以新闻犒发放（当日进一步缓和至3000宗+水平，低见3894宗）。
2022年10月起，由于政府放宽入境限制，加上境外确诊人士带来有新的病毒株流入香港（例如BQ.1.1、BA.2.75.2、XBD等）（每天平均一宗）确诊个案缓慢回升，由10月4日的3000多宗水平升至5000多宗，其后维持约1个多月。2022年11月13日，本地疫情重新上升至6000多宗，此后疫情急剧恶化（11月17日更第2度重上8000多宗水平，自22年9月初以来新高）。2022年11月24日，确诊个案升到9000多宗，其后稍微回落。至2022年12月1日，确诊个案自3个月来再次达到10000多宗，其后继续维持升势。2022年12月23日，确诊个案达到20000多宗。
行政长官优化多项防疫措施
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2022年12月28日，香港行政长官李家超宣布优化防疫措施，包括取消检疫令，以及不再界定密切接触者，但会通过确诊患者向相关人士发出健康措施建议。另外，当局指考虑到整体社会已达致相当高的疫苗接种率，加上社会已建立较广泛的防疫屏障，将取消疫苗通行证和所有入境人士强制核酸检测的要求；也会取消所有社交距离措施，包括限聚令、1.5米餐桌距离和每台人数限制等，只维持口罩令。上述优化措施会于12月29日起生效。当局并统一海外、内地、澳门以及台湾抵港人士的入境安排，29日起毋须在抵港当天或抵港后接受核酸检测，改为自行进行快速测试至第五天的健康建议。[114][26]
2022年12月31日确诊个案达到29000多宗后，疫情渐趋缓和。
2023年
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由2023年1月16日起调整新冠病毒核酸检测结果的判定标准。由该日起发出的检测结果，除作为临床诊断用途外，如检测Ct值为35或以上，会一律被界定为阴性。卫生署卫生防护中心由同日凌晨零时起，不再把核酸检测结果Ct值达35或以上的人士列作确诊个案。有关人士不会获发隔离令（即不用进行家居隔离，亦不会被安排进入社区隔离设施）。调整后的判定标准同样适用于在社区检测中心／检测站进行的免费及自费检测，其中自费检测的阴性证明可用作跨境等用途。
1月19日，政府宣布由1月30日起，不会再向新冠病毒感染人士发出隔离令，患者毋须再在住所、医院或隔离设施等接受隔离；而检测阳性的人士，亦毋须再透过卫生署署方的网上平台申报，无症状感染者可以外出活动和上班，但建议学生不要上学，如有需要可求医，做法与其他呼吸道疾病类似。当局会发信通知全港医生，只需呈报严重和死亡个案，中心日后只会经专题网站上载核酸阳性数字及死亡个案，取代新闻公告，做法与流感等呼吸道风土病相同。[115]
2月28日，政府宣布考虑了最新疫情和风险后，3月1日起开始全面取消口罩令，香港为全球最后一个取消口罩令地区。为保护高危群组，进入医疗设施的人士以及有部份行业（如饮食业及零售业等）工作的员工仍必须戴口罩，院舍亦可透过行政指令要求职员和到访人士戴口罩。至此，维持约3年的新冠肺炎防疫措施结束[28]。
本港自三月初撤销口罩令后，所有对大众适用的防疫措施均已经解除，社会经已全面复常，新冠已按一般上呼吸道感染方式管理，防疫措施亦以保护高危群组为重点。[116]
随着世卫于5月5日宣布新冠疫情不再构成“国际关注的突发公共卫生事件”，政府将参考世卫对疫情的最新意见，评估本地情况和风险及病毒变异情况，检视疫情防控应变级别，并相应调整馀下与疫情相关的措施及安排，会适时作出公布。[116]
2023年5月30日，政府公布，即时将应变级别由“紧急”调低至“戒备”，“应对疫情指导及协调组”和抗疫专家顾问团的架构同步撤销。[30]